Доброго времени суток.
Так как Вы разбили этап заливки фундамента на две части — это вполне осуществимо. Обычно так и производят заливку с использованием уширенной части подошвы фундамента. Дело в том, что такой вариант позволителен, так как фактически не будет нарушен процесс передачи нагрузки со стен фундамента на подошву и последующее распределение нагрузки подошвой уже на грунт, также нужно отметить, что при одновременной заливке очень усложняется процесс монтажа опалубки, что значительно снижает скорость строительства — что является не только ненужным «усложнением» процесса, но и непозволительной роскошью. Ваш вариант можно фактически сравнить с использованием готовых фундаментных блоков, просто в Вашем случае Вы используете армированный монолит. Далее, устраивать горизонтальную гидроизоляцию между подошвой и стеной фундамента не нужно, обычно это и не делается, так что не будет неудобств в закладке рулонных гидроизоляционных материалов сквозь собранный каркас для стен фундамента. Горизонтальная гидроизоляция устраивается между цокольной частью и стенами. После устройства фундамента нужно будет устроить вертикальную гидроизоляцию — вот этот процесс необходим, так как именно от него будет зависеть — будет ли попадать вода из грунта в подвал — для этих целей строительные рынки могут предложить большой ассортимент материалов, из которых Вам будет предстоять сделать выбор. Также разделить заливку стены фундамента на два этапа также можно, это не будет сильно снижать несущую способность фундамента, тем более с учетом «сквозного» армирования, так что у Вас даже при этом получится вполне устойчивая и прочная конструкция, способная воспринимать нагрузку от самого дома. Только опять нужно отметить, что получившийся шов нужно будет хорошо обработать, так как это будет «слабое место», откуда может начать просачиваться вода в помещение подвала.